ImJoy

深度学习方法在各生物医学数据的分析上取得了显著效果,但是要想训练深度学习模型通常需要了解硬件平台、数据、python 脚本等,对于没有编程经验的学者并非易事。 ImJoy (Ouyang W. et al., Nature Methods Correspondence, 2019) 是一个使用 Web 技术 + 插件系统 + Deep Learning 的软件提供各类图像分析功能。 ImJoy 技术选型 Web 网页 可以将网页使用 electron 技术打包,然后与本地服务器组合后以软件形式运行。文章号称使用了 WebGPU 技术,但我没有发现除了图标外的任何痕迹。文章的设计思路是将所有插件都放在 web 端跑,只有在浏览器端资源不足的情况下才翻到服务器跑 插件系统与 python 运行时 不同于 ilastik,ImJoy 选择的是微内核 + “奇怪”的插件系统,内核只提供了最小化的组件,包括插件管理器、窗口管理、通知系统。我认为这有点过度的通用化设计,徒增开发难度。 所谓插件系统的 “奇怪”,主要是因为插件多数使用 python 编写,通过 pyodide 项目将...

ilastik 论文分享

ilastik (Berg et al., Nature Methods, 2019) 是一个交互式的生物图像分析软件,主要使用机器学习方法,但其核心卖点却是无需机器学习经验。软件开发时间已经无从考证,最早发表在 2011 年 ISBI (CCF-C) 会议上,2016 年在 Springer 出版的书上发表了一篇教程。令人惊讶的是,到了 2019 年,尽管分割任务已经是机器学习的天下,本研究依然能够发表于 Nature Methods 上。 1. Sommer, C., Straehle, C., Kothe, U. & Hamprecht, F. A. Ilastik: Interactive learning and segmentation toolkit. in 2011 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro 230–233 (IEEE, Chicago, IL, USA, 2011). doi:10.1109/ISBI.2011.5872394. 2. Haubold,...

神经元的发育

神经科学第五讲,讲者:禹永春(复旦大学),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。 在脑的发育过程中大量神经元的产生,它们不仅会定位到正确的位置,同时会形成不同功能、类型的神经元,让我们拥有了无与伦比的大脑结构。它不仅在早期时候时候产生了神经元,也指导我们在发育过程中形成了精巧的神经环路。尽管我们对它们的形成有一定的了解,但是仍然十分有限,有待进一步探索。...

神经元的生成

神经科学第五讲,讲者:禹永春(复旦大学),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。 大脑皮层 ~2500$cm^2$ 的面积下,约有 160 亿个神经元,形成了高度有序化的结构( 六层结构、皮质功能柱、皮层区域化),其中约有 80% 兴奋性神经元、20% 中间神经元以及多种类的胶质细胞,神经元/胶质细胞是如何精确发育形成神经环路来执行我们的感知、运动、语言、情感、认知等脑功能仍是一个需要进一步探索的问题。...

神经系统的发生与分化

神经科学第四讲,讲者:赵春杰(东南大学),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。 神经系统的发育中,有两个基本问题:胚胎发育过程中,神经组织是如何衍化而来的?神经组织是如何进一步发育为脑和脊髓及其不同功能区域的?...

神经递质及受体(二)

神经科学第三讲,讲者:高永静(南通大学),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。...

神经递质及受体

神经科学第三讲,讲者:陆巍(复旦大学),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。 信号在神经元间传递主要依赖于神经递质,神经递质在突触前通过囊泡形式释放,并在突触后与受体结合,从而传播信号。...

神经元的被动膜特性及动作电位的发生与传播

神经科学第二讲,讲者:舒友生(复旦大学),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。 神经元种类繁多、电活动模式多样。神经元和神经环路的电活动是实现脑功能的重要前提。神经元的电活动由细胞的被动和主动膜特性所决定的。...

神经元活动的基本原理

神经科学第二讲,讲者:石云研究员(广东省智能科学与技术研究院),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。 神经元膜表面具有多种多样的离子通道,在细胞膜两侧电化学梯度的驱动下,离子通道以超高速率高选择性地转运离子,建立细胞膜静息电位,并产生电信号。...

神经系统的细胞组成

神经科学课程第一讲,讲者:鲍岚研究员(中科院分子细胞科学卓越创新中心),主持人:朱筱娟教授(东北师范大学)。 神经组织主要分为神经细胞和神经胶质细胞,还包含免疫细胞、血管细胞等。...
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